Contiene 33 capitoli, tutti orientati intorno allo scopo che si propone l'autore di fornire le istituzioni della pedagogia, ossia di gettare le basi d'una scienza pedagogica solida e universale.

La parte centrale dell'opera è costituita dai capitoli XVI-XIX che contengono il nucleo del pensiero didattico di Comenius, il quale consiste nel trovare l'arte di insegnare tutto a tutti con speditezza e con certezza di "conseguire buoni effetti". Attorno a questo tema l'autore coordina e sviluppa altri temi che prospettano il problema dell'educazione dal punto di vista religioso, sociale e morale, e tutto si illumina alla luce di una fondamentale intuizione. Essa è la natura divina dell'uomo: l'uomo è indirizzato verso Dio, la sua vita è una preparazione alla vita eterna. L'uomo è immagine del Dio vivente, la sua natura possiede i germi di tutto ciò che occorre per realizzare il suo fine eterno, cioè l'istruzione, la virtù e la devozione. In questo processo di elevazione a Dio il mondo visibile ha la funzione di essere scuola agli uomini; perciò l'autore attinge continuamente esempi alla natura delle cose, all'esperienza, al modo di comportarsi delle creature irragionevoli. Nei primi sette capitoli della Didactica, Comenius pone il fondamento dell'opera educativa nell'intrinseca costituzione della natura umana, quale fu creata da Dio: cioè, l'educazione non è altro che la capacità che ha l'uomo di far fecondare i semi che Dio ha posto nella sua natura, ossia i semi dell'istruzione, della virtù e della devozione. Questi rimangono distinti nel suo pensiero, ma nello sviluppo che prendono vengono a subordinarsi all'istruzione, che occupa perciò la maggior parte dell'opera e ne giustifica anche il titolo. L'istruzione è dovere individuale ma è anche compito sociale, e mediante la scuola si salda la coscienza sociale dell'individuo. Perciò debbono sorgere scuole dappertutto aperte a tutti, uomini e donne, ricchi e poveri, e devono insegnare a imparar tutto, cioè quelle cose che riguardano la coltura di tutto l'uomo: per ottenere ciò, bisogna riformare le scuole esistenti e aprirne delle nuove (Cap. VIII-XV). Indi si addentra nel funzionamento della vita della scuola e scrive i quattro capitoli centrali della Didactica magna mediante i quali intende fissare in maniera universale e infallibile i procedimenti del metodo didattico, perché sia impossibile non ottenere buoni effetti.

È un tentativo di costruire una teoria generale del metodo didattico facendo ricalcare all'uomo, nei suoi procedimenti artificiali, i procedimenti infallibili delle cose naturali. Perciò questi capitoli sono disseminati di "fondamenti" ossia schematizzazioni e generalizzazioni dei modi con cui la natura opera negli esseri viventi, dai quali il Comenius trae delle norme, ch'egli crede fondate sulla natura stessa delle cose, quale fu voluta da Dio, per giudicare in maniera universalmente sicura l'azione didattica. Così dall'osservazione degli agenti naturali ricava alcuni princìpi generali come i seguenti: "La natura prepara la materia, prima di mettersi a darle forma". "La natura non si confonde nel compiere le opere sue, ma procede distintamente". "La natura comincia ogni sua operazione dalle parti più interne". Di questi princìpi generali prima rileva le opportune imitazioni nelle arti, poi le aberrazioni nelle scuole e in ultimo propone gli emendamenti didattici: così dal primo fondamento trae la norma di formare l'intelletto prima della lingua, di mettere le discipline positive prima di quelle linguistiche e logiche. Dal secondo fondamento trae la norma di non ficcare la dialettica nella testa di chi studia grammatica e di fare in modo che gli alunni in un sol tempo si debban occupare d'un solo studio. E dal terzo deduce il seguente emendamento: "Primo, si formerà l'intelligenza delle cose; secondo, la memoria; terzo, la lingua e la mano". Fissate le norme generali del metodo didattico, l'autore, in tre capitoli seguenti, si occupa della didattica applicata alle scienze, alle arti e alle lingue; indi, in due altri capitoli, enuclea il metodo di sviluppare i germi della virtù e della devozione (morale e religiosa) che insieme all'istruzione formano l'uomo completo. Negli ultimi capitoli, XXV-XXXIII, torna al problema della scuola e traccia un riordinamento degl'istituti scolastici in quattro gradi, scuola materna, scuola di lingua nazionale, scuola di latino, l'Accademia; e chiude la sua opera, ribadendo criteri per ottenere un ordine universale e perfetto nelle scuole, eliminando gli ostacoli all'attuazione del metodo universale.

La Didactica di Comenius è una delle più grandi manifestazioni della scienza pedagogica che cerca di trovare i fondamenti della sua costituzione teoretica. Per comprenderne l'importanza bisogna inquadrarla nello spirito scientifico del suo tempo, del quale apparisce una geniale applicazione. I fondatori della scienza moderna erano convinti che la natura fosse retta da leggi immutabili, scritte da Dio stesso nella struttura delle cose con linguaggio matematico. Non era giusto pensare che il mondo della natura dovesse servire di modello e guida all'uomo per iscoprire i procedimenti normali dello svolgimento della vita spirituale? A questa esigenza ha obbedito Comenius. Dopo due secoli di evoluzione della scienza pedagogica, noi non pensiamo più i concetti di natura e di legge come li pensava Comenius e non vediamo nella natura bruta il modello dello spirito, bensì l'anticipazione e il presentimento della vita spirituale. Però riconosciamo a Comenius il merito di aver prospettato il problema pedagogico nei suoi termini essenziali.    Comenio  - Il labirinto del mondo e il paradiso del cuore